理藩院是清朝政府統治蒙古、回部及西藏等少數民族的最高權力機構，其作用主要包括：
管理少數民族事務：理藩院負責處理蒙古、回部、西藏等少數民族的內部事務，包括王公、土司的封襲、年班、進貢、隨圍、宴賞、給俸等。
維護與少數民族的聯繫：通過修定法規和派員常駐少數民族地方，理藩院加強了清中央政權與各少數民族地區的聯繫。
處理外交和通商事務：在洋務運動前，理藩院還負責處理對俄羅斯的外交事務，以及部分與外國通商交涉事務。
修訂少數民族法律：理藩院參與修訂懲治少數民族的法律，如《蒙古律》、《回律》、《苗律》等，並參與審理刑名案件。
管理喇嘛事務：理藩院負責保護黃教，即藏傳佛教，並管理喇嘛事務。
處理滿蒙聯姻事務：理藩院參與辦理滿、蒙聯姻事務，包括皇帝下嫁公主、指配額駙之事。
處理商業貿易事務：理藩院管理蒙古各旗會盟、劃界、驛道及商業貿易事。
更名與改革：到了清朝末年，理藩院更名為理藩部，後又在辛亥革命後被北洋政府改為蒙藏院。
理藩院的設定標誌著清中央政權與少數民族地區隸屬關係的加強，反映了專制主義中央集權的統治已深入到邊區。