瑞氏染色的原理如下：
瑞氏染料是由酸性染料伊紅和鹼性染料美藍組成的複合染料。在染色時，染料透入被染物並存留其內部，此過程既有物理的吸附作用，又有化學的親和作用。由於細胞各種成分化學性質不同，對各種染料的親和力也不一樣，因此染色後同一血片上各種細胞可以染上各自特徵性的顏色。例如，血紅蛋白、嗜酸性顆粒為鹼性蛋白質，與酸性染料伊紅結合，染粉紅色，稱為嗜酸性物質；細胞核蛋白和淋巴細胞漿為酸性，與鹼性染料美藍或天青結合，染紫藍色，稱為嗜鹼性物質；中性顆粒呈等電狀態，與伊紅和美藍均可結合，染淡紫色，稱為中性物質。
甲醇作為瑞氏染料的溶劑，在染色過程中起到了關鍵作用。甲醇能使瑞氏染料中的美藍和伊紅在溶液中離解，從而使細胞成分選擇性吸附其中的有色物質而著色。同時，甲醇還具有強大的脫水力，可以將細胞固定在一定形態，增加細胞結構的表面積，提高細胞對染料的吸收作用。此外，甲醇還能吸附染色液中的水，使染色液升溫，從而加速染色反應。