《瑪莉的鍊金工房》是一款以鍊金術為主題的遊戲，玩家將扮演主角瑪洛娜（通稱瑪莉）在薩爾布魯克鍊金學院進行冒險。遊戲的主要目標是利用鍊金術製作出令人讚嘆的道具，並在5年內通過鍊金術製作出令人讚嘆的道具才能順利畢業，否則就會被開除。
遊戲的大致流程包括在鍊金工房製作道具、外出與NPC對話提升知識值、接取委託、購買道具和傭兵加入隊伍等。玩家需要推進劇情，與特定NPC對話聽取傳聞，或接取特定委託來逐步開放採集地。採集地是遊戲中的重要部分，可以提供各種素材，用於製作道具。在製作道具時，需要注意MP、疲勞度等因素，這些因素會影響鍊金的成功率。成功製作道具後，可以將其交付給飛翔亭以獲得金錢和名聲獎勵。名聲是遊戲中重要的數值，它決定了瑪莉能夠閱讀的書籍等級和獲取新配方的能力。此外，玩家還需要注意積累知識值，因為這會影響到一些事件的觸發。
遊戲中有多個角色，每個角色都有獨特的事件和需求。例如，希婭需要保持健康，恩戴克需要在入隊後打龍，琪麗需要帶著魔人一起戰鬥等。玩家需要根據角色的需求來觸發相應的事件。
此外，遊戲中有一些特定的事件和時間限制，例如魔之旋律事件有時間限制，需要在特定時間內完成。玩家需要注意這些事件和時間限制，以免錯過重要的內容。