《生化危機0》的重製版提供了多種操作方式，以下是兩種主要的操作方式：
現代操作方式。使用十字鍵或左搖桿控制主角移動，使用右搖桿控制搭檔角色移動。可以使用□鍵打開狀態欄，使用×鍵進行行動，使用R1鍵瞄準，使用R1鍵加上搖桿向上推動進行向上瞄準，使用R1鍵加上搖桿向下推動進行向下瞄準，使用R1鍵加上×鍵進行攻擊，使用R1鍵加上○鍵上彈，使用L1鍵切換目標，使用L2鍵打開地圖，按住○鍵進行奔跑，在暫停狀態下按OPTIONS鍵打開選項選單。
傳統操作方式。使用方向鍵或右搖桿控制角色移動，推動搖桿默認為走路而非奔跑。在傳統操作模式下，快速轉身為○鍵加上搖桿向下推，按住○鍵進行奔跑。在狀態欄畫面中，可以使用□鍵打開狀態欄，選擇武器裝備、使用道具、瀏覽地圖、瀏覽檔案、放下道具。在地圖畫面中，可以使用「item list」頁面查看丟在地上或檢查過但沒有撿起的道具。地圖方向為上北下南左西右東。
此外，遊戲還提供了搭檔系統操作，玩家可以按下三角鍵切換角色，按下觸摸板或R2鍵切換同時操作兩名組隊或單幹模式。在組隊模式中，玩家操作一名角色，另一名角色為電腦控制，但玩家推動右搖桿可以控制其移動。在狀態欄畫面中，玩家可以選擇給AI下指令，如Attack（AI會自動攻擊）或Idle（AI不會攻擊）。當兩名角色距離較近時，可以在狀態欄中選擇交換兩名角色的道具。選擇道具後，繼續選擇「Exchange」交換即可。
遊戲存檔需要消耗道具墨水，遊戲中的存檔點為印表機。在印表機處消耗一個墨水即可存檔。遊戲沒有自動存檔，死亡後也不會從檢查點重新開始遊戲，所以手動存檔非常重要。