生物除臭方法主要利用微生物的生理代謝將具有臭味的物質加以轉化，使目標污染物被有效分解去除，以達到惡臭的治理目的。這些方法包括：
生物過濾法。將廢氣通入裝有濾料附著微生物的反應器中，利用濾料上附著的微生物對臭氣進行降解。臭氣被濾料吸附後，被微生物氧化分解，形成小分子物質，從而去除臭味。
生物洗滌法。將臭氣的主要成分轉移至液相中，然後用活性污泥法處理這部分吸收了惡臭成分的廢水。此法適用於處理硫化氫、低級醇等臭氣物質。
生物滴濾法。結合了懸浮生長系統和附著生長系統的特性，通過液體中的微生物及其營養配料降解氣體中的污染物。
生物池除臭。在污水生物處理系統中，通過活性污泥法或膜生物反應器等技術，利用微生物的代謝活動降解有機污染物，去除臭味。
這些方法通常適用於城市污水處理、垃圾處理廠、塗料廠、塑膠和橡膠廠、飼料加工、食品飲料廠、製藥企業等場合，對於去除廢氣中的有毒、有害、惡臭污染物非常有效。