使用生物顯微鏡的基本步驟如下：
取鏡和安放。右手握住鏡臂，左手托住鏡座，將顯微鏡放在實驗臺距邊緣大約7釐米處，略偏左，確保目鏡和物鏡都已經安裝好。
對光。轉動轉換器，使低倍物鏡對準通光孔，物鏡前端與載物臺保持大約2釐米的距離，用一箇較大的光圈對準通光孔，一隻眼注視目鏡內，另一隻眼睜開，轉動反光鏡，使光線通過通光孔反射到鏡筒內，通過目鏡可以看到白亮的圓形視野。
放置裝片。將要觀察的玻片標本放在載物臺上，用壓片夾壓住，確保標本正對通光孔的中心。
低倍鏡下觀察。先使用低倍物鏡進行觀察，轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩下降，直到物鏡接近玻片標本（此時要看着物鏡），然後轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩上升，直到看清物像爲止，再略微轉動細準焦螺旋，使看到的物像更加清晰。
高倍鏡下觀察。將在低倍鏡下觀察到的物像移到視野的中央，然後轉動轉換器，用高倍物鏡進行觀察，輕輕轉動細準焦螺旋，直到看清楚物像爲止。
觀察和調節。如果需要同時用雙眼觀察，可以調整雙眼距離與接目鏡焦距，如果觀察者近視，可以根據需要戴或不戴眼鏡。
移動裝片。如果在視野中沒有被觀察對象，可以移動裝片，原則是“欲上反下，欲左反右”。
使用完畢後。調節轉換器，使空鏡頭孔對着通光孔，使反光鏡豎起來，將鏡筒調至最低後裝入鏡箱。
此外，在使用過程中，還需要注意顯微鏡的清潔保養，定期檢查目鏡和物鏡是否有污垢，並使用拭鏡紙進行清潔。