生理酸性肥料是指在施用到土壤後，作物吸收其中的陽離子多於陰離子，導致土壤中殘留較多的酸根離子，從而使土壤或土壤溶液的酸度提高的肥料。這種肥料的效果是通過作物吸收養分後，土壤酸度的提高來實現的。例如，硫酸銨中的NH4+（銨離子）被作物吸收得多於SO42-（硫酸根離子），殘留的SO42-與作物代謝釋放的H+結合形成硫酸，進而提高土壤的酸性。因此，硫酸銨和氯化銨等都是生理酸性肥料。
長期施用生理酸性肥料會對環境造成影響，特別是在水體中，殘留的氯離子等酸性物質會導致水體酸性增加。因此，合理使用生理酸性肥料對於維持土壤健康和水體平衡至關重要。