生防菌，英文名為biocontrol bacteria，是一類有益微生物，它們通過不同的機制如抗生、競爭、重寄生、溶菌等，或利用代謝產物誘導植物抗病性，來抑制病原物的存活和活動，從而防治植物病害。生防菌的種類主要包括細菌、真菌和放線菌。
細菌類生防菌具有種類多樣、繁殖力強、代謝活動複雜、對病原菌作用方式多樣等特點，在自然及人類套用的生物防治活動中扮演重要角色。套用較多的生防細菌包括芽孢桿菌、假單胞桿菌、土壤放射桿菌和巴氏桿菌等。
真菌類生防菌中，哈茨木黴菌被認為是最具有套用潛力的生防菌之一。
放線菌類生防菌包括細黃鏈黴菌、婁徹鏈黴菌等。
生防菌的作用機制主要包括：
競爭作用：生防菌與病原菌爭奪養分和生存空間，抑制病原菌生長。
寄生作用：某些生防真菌寄生在病原菌上，利用其作為營養來源。
拮抗作用：生防菌產生的代謝產物抑制病原菌生長或直接殺滅病原物。
此外，生防菌劑作為一種農業生產輔助產品，可以抑制或殺滅病原菌、真菌和病毒等有害微生物，保護植物健康並增加作物產量。