番茄苗期可能會遇到多種病害，其中常見的有猝倒病、立枯病、根腐病、莖基腐病、軟腐病、灰霉病、早疫病、晚疫病和炭疽病等。這些病害會對番茄苗的生長造成不良影響，甚至導致死亡。因此，及時進行病蟲害防治是減少損失的關鍵措施。
此外，番茄苗期的生長環境如土壤濕度、光照、溫度等，以及營養供應和水分管理，都對番茄苗的健康生長至關重要。環境因素如土壤濕度不足、光照不足、溫度過高或過低都可能導致番茄苗出現葉片萎蔫和莖稈細弱。營養不良同樣會導致番茄苗生長緩慢。因此，需要提供足夠的水分、光照、肥料和保持適宜的溫度，以確保番茄苗能夠獲得足夠的營養並健康成長。