疾控中心主要做以下工作：
為擬訂與疾病預防控制和公共衛生相關的法律、法規、規章、政策、標準和疾病防治規劃等提供科學依據，為衛生行政部門提供政策諮詢。
擬訂並實施全國重大疾病預防控制和重點公共衛生服務工作計劃和實施方案，並對全國實施情況進行質量檢查和效果評價。。
開展疾病預防控制、突發公共衛生事件應急、環境與職業健康、營養健康、老齡健康、婦幼健康、放射衛生和學校衛生等工作。
組織制定國家公共衛生技術方案和指南，承擔公共衛生相關衛生標準綜合管理工作。
開展傳染病、慢性病、職業病、地方病、突發公共衛生事件和疑似預防接種異常反應監測及國民健康狀況監測與評價。
參與國家公共衛生應急準備和應對，組織制定食品安全事故流行病學調查和衛生處理相關技術規範。
開展疾病預防控制、突發公共衛生事件應急、公眾健康關鍵科學研究和技術開發。
開展公共衛生專業領域的研究生教育、繼續教育和相關專業技術培訓等工作。