修剪石化檜時，可以採取以下步驟：
去除不整齊的小枝：對於那些生長不整齊的小枝，可以直接用手掐掉，這樣有助於促進更多新枝的分化。對於較硬的枝條，則應使用剪刀進行剪斷。
剪除枯死枝葉：內部枯死的枝葉應清理乾淨，這些枝葉通常是由於通風和透光不足造成的。
保留綠葉：在修剪時，應保留綠葉部分，避免剪掉新芽，即尾端顏色較淺的部分。
改善通風與光照：無論是越冬霜凍還是自然產生的枯葉，都應清理以改善植株內部的通風與光照環境。可以使用鑷子或手進行清理。
夏季修剪：夏季是石化檜生長的旺季，應及時修剪以避免高溫灼頂和枝條焦黃死亡。修剪可以從老葉的上端進行，使用剪刀或手直接摘除新葉，注意避免留下鏽跡印。
破幹法：對於石化檜小品，可以採用破幹法，即用美工刀從幹身中間破開，一分爲二後塗抹癒合劑，並纏線蟠扎固定造型。這種方法可以促進石化檜的良好生長，並且破開的雙杆枝條粗度會在一年後增加約0.6公分左右。
以上步驟完成後，石化檜的樹形會更加美觀，通風性和光照條件也會得到改善。