石花水洞的形成原因主要歸結於地質歷史時期的構造運動和隨後的水文地質作用。以下是詳細介紹：
石花水洞位於中奧陶系馬家溝組石炭岩中，在地質歷史時期，該地區先是海底沉積形成了石灰岩層。
大約在七千萬年前，華北地區發生了造山運動，導致北京西山地區隆升成為陸地。
在後來的地質時期，地下水流通過這些隆升的石灰岩層，逐漸溶解石灰岩，形成了岩溶洞穴，石花水洞就是其中之一。
石花水洞內的奇特景觀，如捲曲石、文石花和單晶方解石花等，主要是由地下水中的礦物質沉澱形成。這些景觀的形成過程非常緩慢，例如文石花100年才生長1厘米，且這一過程至今仍在繼續。
綜上所述，石花水洞的形成是一個涉及地質歷史時期的構造運動和隨後水文地質作用共同影響的過程。