碘液染色法是一種用於病原體檢測的染色技術，主要用於顯示糞便內原蟲包囊的核、擬染色體、糖原塊等結構，以便於在顯微鏡下觀察。該方法利用生理鹽水與體液等滲的原理，將糞便用生理鹽水稀釋，以保持病原體的活力和形狀。在生理鹽水直接塗片上滴加碘液後，可以使包囊顯示囊內蟲體和核的結構。碘液染色法可以用於診斷多種原蟲包囊，如溶組織內阿米巴包囊、結腸內阿米巴包囊、藍氏賈第鞭毛蟲包囊等，並從大小、形狀、核的數目、核型、擬染色體等方面對它們進行鑑別。該技術主要用於臨床檢驗、公共衛生、畜牧獸醫方面，可對宿主糞便內原蟲包囊進行檢查。
此外，碘液染色法也用於其他方面的套用，例如在糞便、尿液等液體狀標本上直接滴加盧戈氏碘液後鏡檢，或者在塗片經甲醇固定後滴加盧戈氏碘液染色10分鐘，水洗後鏡檢。例如，衣原體鑑定中，沙眼衣原體在宿主細胞的細胞質內形成包涵體，用碘液染色呈棕褐色斑塊。澱粉顆粒與脂肪滴及食物殘渣的鑑別中，滴加碘液後顯紫黑色，高倍鏡下可見同心圓形放射紋。吞噬細胞和阿米巴的鑑別中，碘液染色塗片呈黃棕色，囊壁薄而透明，核膜和核仁清晰可見。糞類圓線蟲蟲體鑑別中，滴加盧戈氏碘液可使幼蟲呈現棕黃色，且蟲體的結構特徵清晰，便於鑑別。