科研工具的使用主要包括文獻閱讀與管理、科研寫作、思維導圖繪製等方面，具體如下：
文獻閱讀與管理。Notability和Notion等軟體支持文字、圖片、錄音等多種形式的筆記，實現多端同步和筆記之間的關聯。CAJ閱讀器和NoteExpress等軟體支持多種格式檔案的閱讀和管理，提供文獻和筆記的多設備雲同步。
科研寫作。在使用微軟Office Word或金山WPS撰寫科研論文時，可以利用內置的寫作外掛程式實現邊寫作邊引用參考文獻，提高寫作效率。
思維導圖繪製。MindMaster等軟體支持繪製各種類型的思維導圖，如邏輯圖、括弧圖、組織結構圖等，並可導出為多種格式。
文獻檢索與獲取。知網（CNKI）和Google學術搜尋等平台提供廣泛的學術資源搜尋和文獻獲取功能。
此外，科學基金項目申請書撰寫時，還可以使用各種文獻編輯和管理軟體，如EndNote和Zotero，這些軟體可以幫助科研人員高效利用數字文獻資源，進行文獻檢索和管理，並自動形成文後參考文獻索引。