秦越人的著作主要包括：
《難經》：原名《黃帝內經八十一難》，是戰國時期秦越人所撰的中醫古典理論書籍，又名《八十一難》或《黃帝八十一難經》。
《難經集注》：由商務印書館出版，秦越人與呂廣、楊玄操、王九思共同撰寫。
《難經通解》：由三秦出版社出版，秦越人獨自撰寫。
《中國民間文獻遺產研究》：由河北科學技術出版社出版，秦越人獨自撰寫，該書屬於民間文獻遺產保護與管理方面的著作，主要研究中國民間文獻遺產保護過程中的理論指導，分析當前民間文獻遺產整理、搶救、保護的具體方法，闡述當代民間文獻遺產管理的可行性辦法。
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