種生基的壞處主要包括：
價格昂貴。種生基的費用相當高，從幾十萬到上百萬不等，這對於大多數人來說是一個沉重的經濟負擔。
需要隱秘。種生基的過程和地點應保持隱秘，以避免引起不必要的注意或被有心人利用。
對施術者有潛在影響。在種生基的過程中，施術者相當於一個「擔保人」，如果種生基者的福分不足，可能會對施術者的福報產生負面影響。
擇地要求高。選擇不當的地點進行種生基可能會導致效果適得其反，甚至引發禍端。
可能對環境造成破壞。如果種生基的地方被有意或無意地破壞，可能需要修復或轉移。
可能引起家庭糾紛。在某些家庭中，種生基可能被視為不吉利或不接受的行為，可能導致家庭成員之間的爭吵。
可能引起社交尷尬。如果種生基的行為被朋友無意中發現，可能會引起誤會，甚至讓朋友誤以為自己已經去世。