管理制度不完善的原因可以從多個角度進行分析，主要包括以下幾點：
制度短缺或設計不合理。可能由於組織活動中出現新問題，缺乏相應的管理制度來指導和規範組織行為，或者現有制度內容過時、存在結構性矛盾、設計不科學、不嚴密，導致制度漏洞和缺乏可行性、可監督性、可衡量性。
制度體系不配套。不同部門可能從各自職能角度制定製度，導致制度之間不協調、不配套，影響執行。
制度執行失範。包括制度執行主體失範，如越權或濫用權力；制度條文內容適用失範，如歪曲理解制度內容；制度適用程式失範，如事前的合謀和妥協等，這些問題都可能導致制度執行不力。
制度剛性問題。即在執行中缺乏合理變通，單純依法管理，導致情理法的衝突。
缺乏有效執行和監督。即使有完善的制度，如果執行和監督不到位，也會導致制度流於形式。
缺乏科學性和創新性。部分制度可能因為缺乏創新和結合實際而顯得不夠科學，或者存在盲目照搬其他組織的情況。
缺乏專業勝任能力。制度的制定者和審核者可能缺乏足夠的專業知識，導致制度要素和原則性要點把握不充分。
缺乏長效機制。制度的更新完善能力和整合能力較弱，導致制度適應性和有效性不足。
綜上所述，管理制度不完善的原因涉及制度設計、執行、監督以及企業文化等多個方面。