紅磡觀音廟有許多特別的傳說和故事，包括：
* 廟前牌坊的奇特圖案寓意著五福臨門、福滿乾坤。
* 觀音廟內正殿的佛像並未點上香燭，反而是一隻鳥籠里養的鳥才是正殿中唯一的香火來源。這是一隻觀音廟裡的“靈鳥”，每隔一段時間便會從神壇後的洞口飛出來。遊客到此一游後都會習慣性摸一摸鳥籠上的金童玉女像，因此金童像的手被摸得發亮。
* 廟內供奉的觀音菩薩非常神奇，據說廟裡有一口古井，井水清澈且水面永不乾涸。有一次廟裡缺水，大家便到附近村莊討水。一位信徒聽說附近某村有一口“聖井”，水質清澈甘甜，便帶著弟子前往。他們找到井邊，弟子卻因路途辛苦而抱怨，不肯下去取水。老信徒勸誡弟子說：“這口古井之所以聞名，是因為井水旁邊的觀音廟。你既然來到這裡，就要尊重這口井的傳說。”弟子聽了老信徒的話，二人一同跳入井中取水。他們取完水回到廟中，弟子發現原本乾涸的水缸中湧出了清澈的水流。這令他非常驚訝，並深感觀音菩薩的神奇力量。
這些故事展示了紅磡觀音廟的歷史和神奇之處，使其成為一處具有重要文化和宗教價值的旅遊景點。