紅曲的製作過程主要使用秈米作為原料，通常包括以下步驟：
選料。選擇優質的秈米，去除雜質，然後洗淨並進行浸泡，讓米粒充分吸水。
蒸煮。將浸泡好的米進行蒸煮，直到米飯熟透但不過爛，這是關鍵步驟，因為米飯的熟度直接影響後續的發酵過程。
接種。將紅麴黴菌種按一定比例撒在米飯上，攪拌均勻，裝入容器中，覆蓋濕布，放在溫暖的地方開始發酵。
發酵。在發酵過程中，需要密切觀察溫度和濕度，適時灑水調節，以確保發酵順利進行。發酵時間通常較長，可能需要數天到一周左右，直到米飯變成紅色，體積膨脹，表面長出菌絲。
晾曬。發酵完成後，將紅曲晾曬至乾燥，以便後續使用或存儲。
此外，紅曲也可用於釀造紅麯酒或作為食物的天然色素，在傳統烹飪中用於製作紅燒肉、紅曲燒筍等菜餚。