缺口分析的局限性主要包括以下幾點：
忽略頭寸間的差異。缺口分析假設同一時間段內的所有頭寸到期時間或重新定價時間相同，這忽略了同一時段內不同頭寸的到期時間或利率重新定價期限的差異。
僅考慮重新定價風險。缺口分析主要考慮因重新定價期限不同而帶來的利率風險，即重新定價風險，但未考慮基準風險，即利率水平變化時，因不同金融產品基準利率調整幅度不同而帶來的利率風險。
忽略基準風險和期權相關風險。缺口分析也忽略了因利率環境改變而引起的支付時間變化，例如與期權相關的頭寸在收入敏感性方面的差異。
非利息收入和費用的影響未被考慮。大多數缺口分析未能反映利率變動對非利息收入和費用的影響，這是銀行收益的重要來源。
只能反映短期影響。缺口分析主要衡量利率變動對銀行當期收益的影響，未考慮利率變動對銀行經濟價值的影響，因此只能反映利率變動的短期影響。