使用育苗盒的過程主要包括以下幾個步驟：
準備育苗盒和土壤。確保育苗盒包括蓋子、穴盤和底託，選擇新配的土壤，以保證雜菌和病害較少，有助於種子的發芽和小苗的茁壯成長。
填土和播種。將土壤填入穴盤，不需填得太滿，稍微按壓後留有一定距離，然後抖動盒子以平整土壤。將土壤噴溼後，點播種子於穴盤中央。
蓋子使用。蓋子主要用於早春和深秋時節，以保溫保溼。晚上或低溫時蓋上蓋子，白天或高溫時需掀開蓋子，避免悶熱環境對小苗造成傷害。
底託的使用。底託可以接收多餘水分，澆水時可將穴盤浸入底託中的水，以保持土壤溼潤，避免種子被沖走。同時，底託可以儲存少量水分，保持上部土壤的溼潤狀態。
保溼和間苗。在育苗盒上使用保鮮膜可以保持土壤溼潤並提高土壤溫度，有助於種子快速出苗。在每個格子內戳兩個對角線方向的小坑播種，以避免將來間苗時影響另一株幼苗的生長。
通過這些步驟，可以有效地使用育苗盒進行種子播種和幼苗培育。