自然疫源性是指某些疾病的病原體在一定地區的自然條件下，可以不依賴人類或家養動物而在自然界中生存繁殖，並可通過傳播媒介感染宿主造成流行，這種現象稱為自然疫源性。具有自然疫源性的疾病，稱為自然疫源性疾病，其特點包括：
病原體、傳播媒介和宿主都是在一定的地理環境中長期形成的。
病原體能通過傳播媒介感染宿主，主要在野生脊椎動物間傳播流行。
人類感染或流行的機會相對較少，人對自然疫源性疾病是易感的，感染後不產生穩固的免疫力。
自然疫源性疾病在自然界可以長期存在並保持其傳染性。
常見的自然疫源性疾病包括腎症候群出血熱、鈎端螺旋體病、鼠疫、森林腦炎、流行性乙型腦炎等。這些疾病的病原體在自然界中原本存在，因此存在自然疫源性疾病的地域稱為自然疫源地。當人類進入這種地區時，有可能被感染。