關於臭豆腐有一個有趣的故事。據說，清朝康熙八年，安徽商人王致和進京會試，因誤將“小開門”置放於腐乳匣中，帶到北京。一晃一年過去，誤期三年，在趕回安徽的路上，行程中才悟出在腐乳加入各種草藥的制臭方法。這一嘗試竟然造就出了北京清真獨有的食品，就是現在的臭豆腐。
還有一種說法是湖南的毛坨子吃法不一樣，加蒜泥、薑末、醬油、辣椒油、芝麻油、蒜葉碎和葷油一起攪勻了吃，更喜歡吃滷水，可每日三餐中可伴著吃。由於口味不同了，漸漸發展出了長沙臭豆腐的特色風味。
這些故事說明了臭豆腐作為一種獨特的美食，在各地有著不同的製作方法和口味，也深受人們的喜愛。