芥菜的施肥量因生長階段和土壤條件而異。以下是不同生長階段的施肥指南：
播種前。施用足量的有機肥和過磷酸鈣，結合土壤狀況調整施肥量。
幼苗期。在芥菜發芽後7~10天進行第一次施肥，每畝施用3~4公斤的肥料。
生長期。第二次施肥在芥菜生長中期，即芥菜長到10~15厘米高時，每畝施用6~8公斤的肥料；第三次施肥在結果期，即芥菜花盤形成時，每畝施用9~10公斤的肥料。
追肥期。在芥菜播種後約半個月進行第一次追肥，每畝施用糞肥1500~2000公斤、尿素4~5公斤或水溶性肥料；第二次追肥在芥菜莖開始膨大時，每畝施用糞肥2500~3000公斤、尿素10~12千克、過磷酸鈣15~18千克；第三次追肥在莖迅速膨大期，即定植後70~80天，每畝施用糞肥2000~2500公斤，配合葉面噴施磷酸二氫鉀。
此外，不同類型的芥菜（如根用芥菜和莖用芥菜）可能有不同的施肥需求。例如，根用芥菜在種植前應施入足量的有機肥和過磷酸鈣，而莖用芥菜則主要施用氮肥，分三次施用，每次施用時結合植株的生長階段和土壤條件調整施肥量。