清洗芽菜的方法取決於芽菜的類型和所要達到的清潔程度。以下是清洗芽菜的一般步驟：
浸泡。在種植芽菜之前，可以將種子浸泡在清水中約1小時，以幫助種子吸收足夠的水分，減少吸附雜質。
剪除根部。在收穫前，將芽菜的根部剪掉，這有助於去除可能積累的泥土和雜質。
徹底清洗。用流動水徹底清洗芽菜，多次沖洗以確保沒有殘留的泥土或沙子。
使用工具。如果芽菜中仍有沙子，可以將其浸泡在清水中約1小時，沙子會沉澱在水底，然後將芽菜過水清洗，以除去大部分沙粒。
漂洗。在清洗過程中，可以使用水輕輕漂洗芽菜，以去除殘留的雜質和泥土。
分批處理。對於大批量生產加工，可以使用專業的清洗設備，如豆芽清洗機，來進行批量清洗。
此外，對於特定類型的芽菜，如花生芽，需要去掉毛根後加水漂洗，並將芽體和花生瓣分開處理。對於通菜、白蘿蔔和蕎麥苗等，應先去根，用寬水漂洗掉種皮和不發芽的種子。松柳苗、豌豆苗和小麥草等也需去根和種子，而油葵苗則只需去根和種皮。