苦瓜嫁接的過程主要包括以下幾個步驟：
苦瓜嫁接苗的砧木採用營養鉢育苗，接穗則使用淨土育苗，以防止土傳病害感染。種子需用75%甲基託布津800倍液浸種12小時，再用清水浸16小時，然後撈出晾乾，並埋在沙中保溫催芽2天。
嫁接時間一般選擇在砧木播種後17至20天，即子葉離地面5至6釐米、直徑2.0至2.5毫米時。
苦瓜嫁接方法通常採用斜接法和劈接法。以斜接爲例，斜切的位置在砧木子葉下方，垂直面0.5至0.6釐米處下方30°切入2/3，深0.3至0.4釐米。選取健壯接穗，在子葉下方大側面1釐米處向上30°切入2/3，深0.3至0.4釐米。兩個切口對齊接上，並用嫁接夾固定。
苦瓜嫁接後的一段時間（通常9至10天）是傷口癒合期。此時，需控制溫度（白天25℃至30℃，夜間20℃左右），溼度保持在95%以上。營養鉢緊密排放於大棚內並澆1次水，用小拱棚、塑料薄膜和遮陽網密閉保溫遮光。前5至6天不通風，7天后在天氣情況下清晨或傍晚通風，每天1至2次。逐漸揭開塑料薄膜，增加通風量和時間，但仍要保持較高的空氣溼度。每天中午噴清水1至2次。嫁接後需遮光，3至4天內全部遮光，以後逐漸在早晚揭開遮蓋物，隨着傷口癒合逐漸去掉覆蓋物。
未成活的嫁接苗需剝除，而一時不易區別的假成活苗可放在條件較好的位置，生長緩慢的苗會逐漸趕上大苗，剔除假成活苗。