茼蒿的施肥主要包括基肥和追肥兩部分。
基肥:茼蒿生長周期短,根系發達但較淺,耐肥而不耐旱,因此必須施足基肥。春秋季露地種植時,每畝施用腐熟有機肥2500~4000千克、50公斤磷肥和15公斤尿素,撒施於地表後深耕細耙,整平作畦,灌水造墒。早春小拱棚種植應在上一年秋季施入基肥;塑膠大棚種植則在冬前施入,每畝使用腐熟有機肥4000千克和複合肥15~20公斤,之後翻地15~20厘米,耙平作畦,準備播種。
追肥:茼蒿的生長期只有30~50天,在旺盛生長期結合澆水沖施複合肥。春播茼蒿在株高8~10厘米時,每畝隨水沖施硫酸銨15~20千克;收割後再結合澆水沖施硫酸銨10~12千克。秋播茼蒿在幼苗長出4片真葉時,每畝沖施複合肥8~12千克或硫酸銨10~15千克;當茼蒿有8~10片真葉時,每畝沖施複合肥15~20千克或硫酸銨15~20千克加適量的磷鉀肥料。大棚種植的茼蒿在苗高10~12厘米時,每畝施複合肥15~20千克或硫酸銨18~23千克加適量的磷鉀肥。收割後,每次施複合肥15~20千克或硫酸銨16~25千克加適量的磷鉀肥,可以多次收穫。
此外,茼蒿幼苗期需肥量很小,當幼苗長到8~10片真葉時進入生長旺盛期,需肥量增加,應加強肥水管理。施肥時要注意「前期輕肥、後期重肥」的原則,以確保茼蒿的健康生長和高產。