菊花茶的顏色通常是淡黃色，但會因爲沖泡次數、菊花類型、水質和是否添加其他成分而有所不同。
菊花茶中含有的黃酮類物質，在水中溶解時會使茶湯呈現黃色。隨着沖泡次數的增加，茶湯的顏色可能會逐漸變淺。不同種類的菊花，如杭白菊和杭黃菊，泡出來的顏色也會有所不同，杭白菊泡出來的顏色是淡青色或淡淡的金黃色；杭黃菊泡出來的茶湯顏色偏金黃。
水質也會影響菊花茶的顏色，例如，鹼性水會使茶色偏黃，酸性水則可能使茶色偏向紅橙色。水中的金屬離子，如鐵離子和鋁離子，也可能導致顏色變化。例如，用自來水泡的菊花茶可能呈現黃橙色，而用蒸餾水泡的茶顏色則相對較淡。