菌根真菌是一類與植物根系共生的重要微生物，它們與80%的植物物種建立了共生關係，包括許多農作物。菌根真菌的主要作用包括：
擴大植物根系的吸收面積。菌根真菌的菌絲體可以擴展到根系以外的區域，從而增加對土壤中營養元素的吸收範圍。
增強植物對營養元素的吸收。特別是對磷等元素的吸收能力。
促進植物生長。菌根真菌能夠合成生物活性物質，如維生素、赤黴素、細胞分裂素等，這些物質有助於植物的良好生長和抗病能力。
提高植物的抗逆性。包括抗旱、抗澇、抗鹽、抗病和耐受重金屬脅迫等。
改善土壤結構。通過其分泌的酶和菌絲體，菌根真菌能夠分解土壤中的養分，並使其能夠被植物吸收，同時改善土壤結構穩定性和水分滲透。
增加產量。在土壤中接種菌根真菌有助於保持甚至提高產量，而無需額外使用化肥或殺蟲劑。
此外，某些菌根真菌的子實體可提供食用和藥用資源。