菜心發苦的原因可能包括：
種植因素。如土壤營養不均衡、施肥不當、土壤有機質減少、土壤酸化和板結等，這些因素影響菜心對營養的均衡吸收，導致內部營養結構變化，從而產生苦味。
品種和種植環境。某些品種的菜心本身含有較多的苦味素，或者種植過程中光照不足、水分不足、溫度過高等因素也可能導致菜心發苦。
後熟和保存。菜心存放時間過長或保存方式不正確，可能導致水分流失和變質，出現苦味和有毒物質。
此外，菜心上的小黃花如果吸收了較多的農藥或受到昆蟲爬過的污染，也可能導致菜心發苦。炒菜時，如果不用油滑鍋或炒焦，也可能導致菜心發苦。如果菜心除了發苦外還有發霉、變色等情況，建議不要食用。