《塞爾達傳說：御天之劍》的操作方法如下：
移動。使用左手柄的搖桿控制人物移動，按下C鍵可以進入第一視角觀察或探測指定線索。
鎖定。使用Z鍵進行鎖定。
攻擊。不同的攻擊動作可以通過不同的方向操作手柄實現，例如橫著甩動手柄可以進行橫斬，左右柄上下晃動可以架盾，如果再晃一次就可以反彈敵人的攻擊。左手柄和右手柄同時左右晃動可以進行迴旋斬，在敵人倒地時使用可以給予最終一擊。奔跑時+左手柄上下晃動可以進行翻滾。
使用道具。使用B鍵取消當前動作，短按可以使用道具，長按則可以打開道具欄選擇道具。
使用物品。使用「-」鍵或「+」鍵進行操作，「-」鍵用於使用物品，包括裝備盾牌、掏出藥水等，「+」鍵則用於查看地圖。
狀態欄和幫助。使用1鍵查看狀態欄，2鍵可以獲取幫助。
控制飛行和飛行攻擊。使用右手柄的傾斜旋轉控制飛行方向，可以爬升、俯衝、左右飛行等。在飛行中使用ZL鍵鎖定目標，然後按A鍵跳躍並揮動直劍可以進行跳躍斬。還可以在鎖定狀態下，按A鍵跳躍後拉前A鍵進行快速飛行攻擊。
控制武器。使用「L」和「R」桿可以控制武器，例如在鎖定狀態下，按住「L」鍵並轉動「R」桿可以調整視角。
此外，遊戲中的視角轉動速度可以調整，以適應不同玩家的習慣。在遊戲中，如果遇到強大的敵人，可以鎖定敵人並按方向鍵下，小助手法伊會提供建議。