藥師經的迴向文可以按照以下步驟進行唸誦：
爐香乍爇(ru)法界蒙燻諸佛海會悉遙聞
隨處結祥雲誠意方殷諸佛現全身
南無香雲蓋菩薩摩訶薩(三稱)
淨身業真言:摩訶(h)修利修修利
安土地真言:南無三滿多娑婆訶
普供養真言:發願文:稽首三界尊,皈命十方佛,我今發宏願,持此藥師經,上報四重恩,下濟三塗苦,若有見聞者,悉發菩提心,盡此一報身,同生安樂國
親覲(jn)大慈父,殷勤聞真諦,學習獅子吼(hǒu),回返娑婆地,度衆脫苦海,弘法利羣迷
汝今諦聽.極佛告曼殊室利.東方去此.過十殑(jng)伽(qi)沙等佛土.有世界名淨琉璃.佛號藥師琉璃光.如來.應.正等覺.明行圓滿.善逝.世間解.無上士.調御(y)丈夫.天人師.佛.薄伽(qi)梵。令一切有情如我無異
第二大願.願我來世得菩提時.身如琉璃.內外明徹.淨無瑕(xi)穢(hu).光明廣大
修法功德殊勝行,無邊勝福皆迴向。普願沉溺諸衆生,速往無量光佛剎。十方三世一切佛,一切菩薩摩訶薩,摩訶般若波羅蜜