蘑菇的怪味可能來源於不同種類和生長條件。常見的紅蘑菇和榛蘑菇由於自然生長，可能會帶有泥土的氣息。這類蘑菇可以通過浸泡、沖洗和瀝乾水分來去除土腥味，同時保留蘑菇本身的香味。香菇和金針菇則是人工培菌的，培菌過程中可能會產生一些怪味，這些味道僅通過浸泡或沖洗難以去除。因此，處理這類蘑菇時，需要經過高溫加工，如焯水，以去除怪味。在烹飪過程中加入少量醋也有助於去除怪味。
罐頭類蘑菇通常經過高溫處理並添加了化學添加劑，這類蘑菇可能不會有明顯的異味，但會失去蘑菇原有的口感和營養。因此，建議儘量少吃這類蘑菇。
蘑菇本身也具有其特有的氣味，這通常不是腥味，而是食物本身的氣味。蘑菇含有豐富的維生素、胺基酸、蛋白質和纖維素等營養成分，對健康有益。然而，對於患有腸胃疾病的人來說，可能需要減少食用蘑菇。