虹吸水管的工作原理是基於大氣壓力和液體的表面張力。
虹吸管的一端被置於液體中，另一端則位於較高位置，當虹吸管內充滿液體時，由於液體的重力作用，液體從管的一端流向另一端，在管內形成真空，進而吸引更多液體流動，這個過程不斷重複，使得液體能夠持續流動。
具體來說，當虹吸管的一端浸在液體中時，由於液體的表面張力和重力作用，液體自然流入管中，如果虹吸管的另一端封閉，管內的壓力會降低，形成真空區域，這時，大氣壓力會將液體從另一端壓入管內，以填補真空區域，因此，液體從一端流向另一端。
此外，虹吸現象還涉及到連通器原理，即在密閉容器中，液體上的壓強處處相等，當液體從一個容器通過虹吸管流向另一個容器時，由於兩個容器中的液位不同，形成了液面高度差，從而產生了壓力差，推動液體流動。