《彩虹六號》的劇情主要圍繞彩虹小隊的任務和行動展開，具體如下：
彩虹小隊在《彩虹六號：圍攻》中首次亮相，其任務包括取回被污染的太空艙和消滅小鎮中的有機體。這個任務背景發生在三年前，當時幹員們遭遇了強大的人形生物的攻擊，後來發現這些生物是普通平民，但遭到了原因不明的感染產生的變異體。這些變異體被稱為奇美拉寄生體ELA。
在《彩虹六號：異種》中，故事進一步展開，揭示了太空艙實際上來自冷戰期間蘇聯的一個秘密載人登月計劃。這個計劃與全球範圍內的電力波動有關，而太空艙的存放地再次湧出了變異體。
彩虹小隊的成員包括ASH、熱切、醫生、機槍哥等。他們在執行任務時，不僅面對變異體，還發現了一個由生物技術公司Horizon Corporation策劃的複雜生物武器攻擊計劃。這個計劃的目的是通過奧運會期間聚集的大量人群，傳播伊波拉病毒變種，並通過疫苗牟取暴利。
綜上，可以看出《彩虹六號》的劇情深入且多樣，涉及科學實驗、生物恐怖主義、秘密計劃和國際衝突等多個方面。