蚯蚓堆肥的方法可以有多種，以下是幾種常見的方法：
使用塑料收納箱。首先準備一箇帶蓋子的塑料收納箱，然後在底部和蓋子上鑽一些小孔以便於透氣。在箱底鋪一層撕碎的牛皮紙或報紙，並噴溼，接着鋪上一層普通泥土，將蚯蚓和它們的黑土一起放入箱中。
使用週轉箱。在週轉箱底部打滿小孔，側面安裝透氣孔，底部鋪上報紙並噴水。放入PVC管，周邊放土或椰糠，然後將蚯蚓放入，上面再鋪一層土。將切碎的廚餘放入PVC管中，蓋上並保持土壤溼潤。
使用木盆系統。準備一箇廣口的木盆，盆底鋪上木炭。在盆中央放置一箇不封底的環狀容器，內盆中加入配土和蚯蚓，外盆則用於排泄。保證內外盆可以自由進出，在內盆中種植蔬菜、香草或花卉。
在進行蚯蚓堆肥時，應避免使用動物成分的食材（如奶製品和肉類）、辛辣刺激性食材（如辣椒、洋蔥、蒜等）以及任何可能噴灑過農藥的蔬菜。蚯蚓喜歡素食，因此適宜的食物包括蔬菜水果皮、咖啡和茶葉渣等。投餵蚯蚓時應適量，並根據飼養空間的大小和蚯蚓數量來調整投餵頻率和數量。同時，應保持堆肥箱的黑暗、避光和安靜，以利於蚯蚓的生存和繁殖。