蛋白的保存方法取決於其使用需求和穩定性特性。常見的保存方法包括：
低溫保存。在-20°C至-80°C下冷凍保存，這種方法適用於大多數蛋白質，尤其是那些對熱敏感或需要穩定pH條件的蛋白質。液態蛋白質樣品在-20°C至-10°C下冰凍保存，可長期保留活性。
在穩定的pH條件下保存。多數蛋白質在等電點附近的pH範圍內較穩定，但穩定的pH並不完全等同於該蛋白質的等電點。
高濃度條件下保存。蛋白質在較高濃度的溶液中更穩定，因為液態蛋白質容易受水化作用的影響。
加入保護劑保存。某些蛋白質在疏水環境中才能長期保存，加入穩定劑如糖類、脂肪類、蛋白質類、胺基酸、多元醇、有機溶劑、二甲亞碸、有機酸、多聚陰離子(多磷酸鹽)、表面活性劑等，可降低蛋白質溶液的極性，避免變性失活。
真空或惰性氣體中密閉保存。某些蛋白質含有半胱氨酸巰基，容易被空氣中的氧緩慢氧化，可加入β-巰基乙醇等抗氧化劑。
凍乾保存。將蛋白質在適合的緩衝溶液中凍乾，然後存放在4°C下。
液態氮冷凍保存。適用於需要長期保存的蛋白質，尤其是抗氧化物。
使用錫紙托單獨冷凍保存。適用於蛋清等蛋白質，每個蛋清單獨冷凍，便於儲存和取用。
每種方法都有其適用場景和優缺點，選擇時應考慮蛋白質的特性和預期的使用條件。