清洗蛋白棉的方法有多種，以下是幾種常用的方法：
清水清洗。將使用過的蛋白棉放在清水中浸泡，然後用手搓洗以去除污水和雜質。清洗後，應將蛋白棉曬乾，並在晾曬過程中經常翻動，以確保徹底乾燥，避免發黴。
鹽水清洗。製作飽和濃鹽水（鹽水比例爲1：3），將蛋白棉浸泡在其中2小時，這有助於釋放黃水和吸附物。浸泡後，用清水沖洗直至沒有黃水流出。
無水酒精清洗。使用純度在99%以上的無水酒精浸泡蛋白棉，控制浸泡時間大約爲4小時。浸泡後，用清水洗淨、晾乾、曬乾，然後重複使用。
需要注意的是，在清洗過程中，應避免揉搓蛋白棉，以免損壞其結構。另外，蛋白棉應存放在避光、溼潤的環境中以保持其性能。在使用藥物時，應取出蛋白棉，以避免影響水質。