蜂巢蜜的保存方法主要有常溫保存、低溫冷藏保存和真空儲存三種方式。
在常溫下，蜂巢蜜可以保鮮大約10天左右，因為其含有的蜂蜜和蜂膠具有抗菌消炎的作用。低溫冷藏保存則可以將蜂巢蜜的保存時間延長至半年左右，適合長期保存。在真空環境中保存，蜂巢蜜可以保存三年甚至更長時間。
此外，為了確保蜂巢蜜的品質，應該將其存放在乾燥、避光、防蟲的環境中，並使用穩定的玻璃器皿來存放，同時注意全密封以避免空氣中的水分或異味影響蜂巢蜜。如果蜂巢蜜長期不使用，最好在陰涼處全密封存放。在炎熱的夏季，如果蜂蜜發黏發酵，可以盛在玻璃容器內隔水加熱到63℃至65℃並保溫30分鐘來阻止發酵。