蜂膠的保存方法主要包括以下幾點：
密閉保存。由於蜂膠中含有揮發油，這些揮發油佔蜂膠組分的5%到7%，具有很強的抗微生物活性。因此，應將蜂膠放在密閉的環境中，以防止揮發油的揮發。這可以通過使用無毒塑料薄膜、蠟紙、牛皮紙等材料進行包裝來實現。如果使用的是蜂膠液或膠囊，使用後應立即擰緊瓶蓋，密封保存。
避光、陰涼處保存。蜂膠中的有效成分，如萜烯類物質，對光敏感，容易因光照而變色或變質。因此，應將蜂膠存放在避光、陰涼的地方，避免陽光直射。
不宜保存在聚乙烯塑料瓶中。因爲塑料中的某些增塑劑可能融入蜂膠中，雖然人體能夠排泄，但長期攝入可能在體內積累，產生毒性作用。
防潮處理。對於蜂膠硬膠囊，尤其是蜂膠軟膠囊，還需要注意防潮。空氣中的水分可能會被膠囊殼吸附，導致膠囊殼變軟、變黏，容易粘連。
按照上述條件保存的蜂膠，其保質期一般在24到36個月之間。隨着保存時間的延長，蜂膠的液體產品可能會有沉澱物產生，這屬於正常現象，只需在服用前充分搖晃幾下即可。