赤水河的名字經歷了多次變化。在古時候，它曾被稱為赤虺河、安樂水、大涉水等。秦漢時期，它被稱為鰼水。到了後漢至兩晉時期，它又被稱為大涉水和安樂水。東晉時，它被稱為巴涪（符）水。唐代天寶十年（715年），在鮮于仲通征南詔的檄文中，赤虺河這一名稱首次出現。這裡的「赤」指的是河流因含沙量高、水色赤黃的特點，而「虺」則指毒蛇，反映了河水中毒蛇出沒的情況。明代洪武十五年（1382年），在今四川敘永置赤水衛時，「赤虺」被改為「赤水」，從而形成了現在廣泛使用的名稱。
此外，在某些地區，赤水河曾被稱為仁懷河或茅台河。