軍旗的玩法主要包括以下步驟和規則：
佈局：軍棋總共有50枚棋子，兩邊各25枚。棋子從大到小排列爲：司令、軍長、師長、旅長、團長、營長、連長、排長和工兵。另外還有三個功能性棋子：炸彈、地雷和軍旗。開局時，所有棋子背面朝上，由先手玩家翻棋決定雙方各自使用的顏色。
行棋：棋子在地圖上分爲鐵路線和公路線。鐵路線可以隨意走，但除工兵外其他棋子都不可以轉彎；公路線每次可以行進一格。棋子進入行營或者大本營後，不可以被攻擊。
喫子規則：有軍銜等級的就是大棋喫小棋，從大到小依次是司令>軍長>師長>旅長>團長>營長>連長>排長>工兵。相同棋子相遇，則同歸於盡。地雷除了工兵和炸彈外，其餘棋子都會被地雷喫。炸彈可以與除軍旗以外的所有棋子同歸於盡。
獲勝方法：將對方所有能移動的棋子消滅或者喫掉對方軍旗，則獲得勝利。用工兵排除地雷後捕獲對方軍旗，也是獲勝的方法之一。
此外，軍旗還有暗棋、明棋、翻棋等不同的玩法模式，但除了擺放棋子的方式不同外，最終判定棋子的大小規則和勝負規則都是一樣的。在玩遊戲時，可以根據具體情況選擇合適的玩法模式。