辦理進京證的方法有以下兩種：
線上辦理。首先，下載「北京交警」手機APP（安卓用戶在套用商店搜尋下載，蘋果用戶在「App Store」搜尋下載）；然後，在APP中點擊進入「進京證辦理」；接著，添加車輛信息，點擊「申請辦證」，選擇進京證類型（六環內或六環外），填寫駕駛員、同行人員、進京相關信息並提交；最後，審核通過後，可以在APP首頁或「電子證件」中查看進京證。暫不支持線上辦理或電子進京證申請不成功的，可以到進京檢查站視窗現場辦理紙質進京證。
線下辦理。駕駛人可以前往北京市任意進京檢查站或辦證處（7天24小時周末及法定節假日不休）辦理，提交駕駛人身份證件、機動車駕駛證（含電子駕駛證）和機動車行駛證。對於外省、區、市運輸危險化學品的車輛，還需提交登記地道路運輸管理機構核發的危險品運輸資質憑證。
需要注意的是，公安交管和生態環境部門將對申請辦理進京通行證的機動車車輛狀態和尾氣排放標準進行核驗，不符合條件的車輛不予辦理進京通行證。