高錳酸鉀是一種有效的植物消毒劑，可以用於多種植物的消毒和處理。以下是高錳酸鉀在植物消毒中的套用方法：
對於種球花卉如朱頂紅、風雨蘭、百合，或肉質根花卉如蘭花、君子蘭，可將種球或肉質根浸泡於1:2000稀釋的高錳酸鉀溶液中15到30分鐘，以進行殺菌消毒。
對於腐葉土或舊土，在二次使用前可以澆灌高錳酸鉀溶液進行殺菌消毒。
在植物受到真菌感染如黑斑病、白粉病時，可以噴灑高錳酸鉀溶液進行治療。使用時需注意溶液濃度不宜過高，並且要小心操作，因為溶液接觸皮膚可能導致發黃。若指甲不慎染色，可使用維生素C進行褪色處理。
在病毒病初期，使用600到800倍液稀釋的高錳酸鉀噴霧全株，每5到7天一次，連續噴灑3到4次。高錳酸鉀與雙效助壯素病毒K等量混合使用可提高防治效果。
對於食用菌接種箱或室的消毒，可將高錳酸鉀加入福馬林溶液中產生甲醛蒸氣進行熏蒸消毒。
植物切除腐爛部分後，可用高錳酸鉀水浸泡晾乾後定植，以減少病害蔓延。此外，稀釋後的高錳酸鉀溶液也可用於促進生根。