違章建築的處理流程主要包括以下幾個步驟：
調查和認定。執法機構會對涉嫌違法建築進行調查，包括現場檢查、詢問當事人、製作調查筆錄等，以確定建築是否真的違法。
行政處罰決定。一旦認定爲違章建築，執法機構會下達違法通知和聽證通知，然後決定是要求業主自行拆除還是進行強制拆除，如果業主不同意，可以申請行政複議或提起行政訴訟。
限期改正和催告。在某些情況下，執法機構可能會責令限期改正或催告，要求業主在指定時間內採取行動（如自行拆除）。
強制拆除。如果業主未能在規定時間內採取行動或改正錯誤，執法機構將進行強制拆除。
業主在面對違章建築的認定和拆除時，享有以下權利：要求行政機關出具認定違建的依據和證明，對行政機關認定違建的行爲提出異議，對拆除違建的行爲提出申訴，要求行政複議或行政訴訟，以及在拆除違建時保障自己的人身和財產安全。