邱姓的起源較爲複雜，包含多箇來源，主要如下：
出自姜姓。西周初年，太師呂尚（姜姓，呂氏，名望）因輔佐武王滅商有功，被封於齊，建齊國，都營丘（今山東省淄博市東北舊臨淄），其後代中有以地爲名的稱爲丘氏。
出自姒姓。夏帝少康時，封其小兒子曲烈於鄫（今河南省柘城縣北），至周靈王時，爲莒國所滅，其子孫去邑爲曾氏，其後分支中就有以丘爲氏。
出自嬀姓。春秋時，陳國（開國君主是胡公滿）有宛丘，邾國（傳爲顓頊後裔挾所建，曹姓）有弱丘，居者皆以丘爲氏。
出自少數民族改姓。如漢代烏桓族有丘氏。南北朝時，北魏孝文帝遷都洛陽後，鮮卑族的複姓丘陵氏、丘敦氏改爲漢字單姓丘氏。
此外，還有一部分是因爲歷史上的避諱而改姓。例如，清雍正年間因避諱孔子的名號“丘”，將“丘”改爲“邱”。民國初年，近代詩人邱逢甲等人倡議復丘姓本字，部分人又將“邱”改回“丘”。
總的來說，邱姓的起源和發展是一箇多源而複雜的過程，涉及古代的封地、歷史事件、少數民族的漢化等多箇方面。