邱姓的祖先主要有以下幾個來源：
姜太公呂尚：邱姓最早的一支源於姜姓，姜太公呂尚被封於齊，建立齊國，定都營丘。其後代中有人居住在營丘，遂以丘為氏。
曹姓後裔：另一支邱姓源自曹姓，黃帝之裔高陽氏顓頊的後裔祝融氏吳回之子陸終的第五子安，曹姓。西周初，周武王封曹姓後裔曹挾於邾，建立邾國，春秋時邾大夫丘弱之後有丘氏。
古代少數民族改姓：南北朝時，鮮卑族人拓跋氏入主中原，建立北魏政權。魏獻帝七分國人，以弟豆真折為丘敦氏，封臨淮王。魏孝文帝遷都洛陽後，改丘敦氏為丘氏，融入漢族。
姜太公的三兒子丘穆公：姜太公封齊建國後，讓三兒子丘穆公鎮守都城營丘。丘穆公去世後，其族人遂以丘為氏。
以上各支邱姓的發展歷程中，均有以丘為氏的情況，因此邱姓與丘姓在歷史上是同源的。