酪蛋白的沉澱方法主要包括以下幾種：
酸沉澱。酪蛋白對pH變化敏感，當脫脂乳的pH下降時，酪蛋白膠粒中的鈣離子與磷酸鹽逐漸游離。當pH值達到酪蛋白的等電點4.6時，會形成酪蛋白沉澱。這種沉澱可以通過加入鹽酸來實現，反應式為：酪蛋白酸鈣（Ca3(PO4)2）+2HCl →酪蛋白↓+2CaHPO4+CaCl2。
凝乳酶凝固。凝乳酶可以作用於酪蛋白，生成副酪蛋白，在鈣離子的存在下形成不溶性凝塊。
鹽類和離子影響。在含有NaCl或(NH4)2SO4等鹽類的飽和或半飽和溶液中，酪蛋白酸鈣-磷酸鈣膠粒會因電荷折消和膠粒脫水而沉澱。
與糖反應。具有還原性羰基的糖可以與酪蛋白反應，生成氨基糖和芳香味及其色素。
自然變酸凝結。當牛奶中存在乳酸鏈球菌並發酵乳糖產生足夠的乳酸時，酪蛋白會自然變酸凝結。
加入稀鹽酸或硫酸沉澱。在牛奶中加入稀鹽酸或硫酸可以使酸性酪蛋白沉澱。
以上方法均可用於從牛奶中分離或純化酪蛋白。