酵母菌的生殖方式主要有以下幾種：
出芽生殖。這是酵母菌進行無性繁殖的主要方式，成熟的酵母菌細胞會先長出一箇小芽，當芽細胞長到一定程度後，會脫離母細胞繼續生長，最終形成一箇新的個體。出芽的位置可以是一箇端點、兩個端點或多箇端點。
裂殖。少數種類的酵母菌會像細菌一樣通過細胞的橫分裂來繁殖。
芽裂。母細胞總是在一端出芽，並在芽基處形成隔膜，使得子細胞呈瓶狀。
形成子囊孢子。在營養狀況不佳的情況下，一些可以進行有性生殖的酵母會形成孢子，通常爲四個，這些孢子在適宜的條件下可以再次萌發。
此外，有些酵母（如假絲酵母）不能進行有性繁殖。