酶工程原理是一門結合了酶學、微生物學和化學工程技術的交叉科學。其核心內容包括酶的生產、酶的固定化、酶反應器設計、酶的分子改造和酶的模擬等。酶工程的套用範圍廣泛，包括食品工業、輕工業、醫藥工業、能源開發、環境工程等多個領域。
酶工程的主要目標是利用酶的特異催化功能，通過對酶結構進行修飾改造，並藉助生物反應器和工藝最佳化過程，有效地發揮酶的催化特性來生產人類所需的產品或服務於其他目的。此外，酶工程也涉及對傳統突變或分子生物學技術的套用，通過改變蛋白質上的胺基酸來改變蛋白質的化學性質和功能。
酶工程的一個重要套用領域是酶製劑的製備，這包括酶的固定化和酶的修飾與改造。酶反應器的設計和最佳化也是酶工程的關鍵組成部分，它們在工業生產中發揮著重要作用。